安徽省疾病预防控制中心是在原安徽省卫生防疫站（1953年4月建站）的基础上，于2003年调整组建的全省综合性疾病预防控制机构，是隶属于省卫生健康委的公益性事业单位，同时挂牌省健康教育所和省公共卫生研究院。

中心承担政府疾病预防控制技术管理与服务职能，主要包括：传染病、地方病、慢性非传染性疾病预防与控制，突发公共卫生事件和灾害应急处置，疫情及健康相关因素信息管理，健康危害因素监测与干预，卫生检测与评价，健康教育与健康促进，疾病预防控制技术管理与应用研究指导，疫苗临床试验评价等。

中心拥有全省第一家生物安全三级(BLS-3)实验室，具有包括新冠病毒在内的8种高致病性病原微生物实验活动资格。拥有微生物检验室、理化检验室、毒理学实验室、消毒洁净实验室、艾滋病确证实验室、碘缺乏病实验室、麻疹实验室和脊灰实验室。中心各类实验室具备通过CNAS认证认可的检验检测项目1394个，通过CMA认证认可的检验检测项目1348个。