南京鼓楼医院，又名南京大学医学院附属鼓楼医院，是一所集医疗、教学、科研为一体的综合性大型三级甲等医院。

南京市中医院，南京中医药大学第三附属医院，亦为南京市红十字中医医院，成立于1956年，坐落在闻名海内外的夫子庙秦淮河畔，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的设备先进、技术雄厚、专科齐全的三级甲等综合性中医医院。

南京军区南京总医院是一所医教研协调发展的大型现代化综合性医院。

南京脑科医院，又名南京医科大学附属脑科医院，江苏省精神卫生中心，始建于1947年，是我国最早的国立神经精神病专科医院，承担着南京市、江苏省乃至全国神经、精神疾病的医疗、康复、预防、教学、科研、司法鉴定等任务，还承担着相关政府指令性工作及突发应急事件的心理救援等处置任务，在国家重大城市任务和突发公共卫生事件处置中，发挥社会维稳作用。

江苏省人民医院，又名南京医科大学第一附属医院、江苏省红十字医院。 其前身是1936年成立的江苏省立医政学院附设诊疗所。综合性三级甲等医院。

南京武总医院是一所集医疗、教学、科研为一体的综合性国家大型公立部队医院(省市医保定点单位)。