1952年福建省厦门市气象台在鼓浪屿创建，1989年1月成立福建省厦门市气象局，隶属福建省气象局管理。市气象局机关设5个内设机构：办公室、业务科技处、计划财务处、人事处、政策法规处;设有4个直属单位：厦门市气象台(厦门市海洋气象台)、厦门市气象服务中心、厦门市防雷中心(厦门市避雷监测技术中心)、厦门市气象局机关服务中心;2008年4月市政府批复成立厦门市气候变化监测评估中心，挂靠厦门市气象服务中心。

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